世界各國憲法大都包括二大部份：基本人權與國家組織。就憲法的歷史發展來看，基本人權的規定是憲法的核心、基本價值與指導理念。一部憲法的基本人權規定其實揩露了那個國家的人民對理想社會的想像。國家政治組織之規定其目的在實現基本人權所描繪的社會理想。有鑑於此，聯盟認為全民憲改運動的核心在重寫我國憲法中的人權規定。聯盟認為憲改運動就是人權完整入憲運動。人權入憲運動並不是為特定階層爭取特殊利益，而是要喚起全民一起來描繪與想像未來理想社會的藍圖。憲政改造的目的在將全民描繪出來的理想社會的藍圖落實為憲法條文，做為國家發展的規範。基於這樣的理念，21世紀憲改聯盟認為憲改運動的主軸在將進步的人權思想落實為憲法條文，以呈現全民共同追求的理想社會美景。

主要議題包括人權專章、刑事人權、社會權、環境權、原住民專章、勞動三權等。此外，廢除司法行政體質之司法院，改為職司審判權之最高法院議題，司法違憲審查權是否由大法官會議擴大到各級法院的議題，限制人民修憲權利的正當性與修憲議題，修憲程序議題等，也是聯盟關心的核心議題。聯盟將著重於提供民眾憲政知識，讓民眾瞭解憲法與其個人日常生活及權益的密切相關性，進而激發民眾去思考各式憲改議題。以審議式民主的精神，將憲改交給全民去做判斷。

中央政府體制(總統制或內閣制)問題也是聯盟關心的議題。我國中央政府體制向來缺少明確的定位，雖然憲政體制的設計具有因地制宜性，然而觀諸我國中央政府體制並非完全來自我國憲政實務與慣例之累積，而是西方制度之移植與拼湊及政治惡鬥的產物，憲法所規定之中央政府體制始終未能真正符合國家與人民之所需。到底要採取「總統制」或「內閣制」應參考臺灣本身的經驗，設置適合我國發展的制度。另外，國會究應考慮「兩院制」或「單一國會」也存在進一步討論空間，甚而對於我國所獨有的「監察院」與「考試院」，其存廢或定位以及權限劃分亦應加以釐清。修憲程序有程序上的限制，即修憲案提出的要件，修憲案通過的門檻等。而在實體上的限制，則是修憲內容不得抵觸憲法核心領域，目的在於確保自由民主憲政秩序的存續，並也確保人民自由權的保障。長遠來看，修憲程序的完備也是確保我國憲政秩序的長治久安。因此，在新一階段的憲政改造中，應該檢討並明確提出修憲的各種合理要件與限制，且不應違反主權在民的立憲精神，任意剝奪人民參政權。